長年TortoiseSVNやTortoiseGitでアイコンが黒矩形になる不具合に悩まされてたけど解決法が分かったかも

Windows10だけど
(1) ディスク クリーンアップを開いてOSのドライブを指定
(2) [削除するファイル]の[縮少表示]をチェックし実行
(3) FileVisor再起動
で直った