あとは、比較的簡単にできるところからのご対応になります

・ブックマークできるURLの長さを最大2083文字に変更 >>76

・「詳細設定→ツリーのオプション」の「更新チェックの挙動」に、「投稿日が古い動画はスルーする」
  「投稿日が“前回そのURLの更新チェックをした日”よりも古い動画はスルーする」を追加 >>75 >>78
 (関連して、ブクマの「編集」に「このブクマの更新チェックでは、条件によるスルーをしない」を追加)

・「詳細設定→ツリーのオプション」に、「URL/フォルダ/検索語が既存アイテムと同じブクマを
  手動で登録しようとした際に、警告する」を追加 >>75

・ブックマークツリーやダウンロードリストで、APPキーで右クリックメニューが開くように変更 >>51
 (メニューのカスタムでアクセラレータキーを設定すれば、いちおう「APPキー+何か」で操作可能です)

・入力欄にリスト名が入っている状態で「これをブクマ」を押すとリストをブックマークするように変更、
  「URL/フォルダ/検索語」を <保存したリストの一覧> という文字列に設定したブクマを作成すると
  (入力欄に <保存したリストの一覧> とだけ入力した状態で「これをブクマ」を押すと)
  既存のリスト一覧を子に持つアイテムになるなど、リストをツリーからあつかう処理を試験的に追加 >>52