ニコニコ動画の仕様変更への対応などが滞っており、申し訳ございません
取り急ぎ、すぐにお答えできそうな案件についてだけ、お返事させていただきます

>>99
単純に「100コメ/分」でよろしければ、左下の方にある「DLするコメント」を「毎分」と設定することで可能です
（ただ、当ツールは原則として、コメントの取捨選択はダウンロード後に「XMLの再構成」で行う方針となっております）

>>110
「(3)調整」の「NG語」に次のような正規表現を記述していただくと、おおむねご希望の動作になると思います

/^[ﾉノ]$/

＃また、たとえば /^[ﾉノ]+$/ というように記述していただくと、「ﾉﾉﾉﾉ」なども消去されます