FreeMindを使ってるんだけど
この手のソフトでツリー構造のような親子関係だけでなくWikiの関連項目みたいに
連想式でノード同士が複雑にリンクできる（個々のノードがルートになれる）ようなものってない？

↓こういう感じで
http://kids.gakken.co.jp/jiten/6/60020940.html