Freeplaneで日本語変換が途中確定する件、動作分析の続報です。

結論からいうと、この現象は下記2つの条件のどちらかに抵触すると発生するようです。

(1)IME側の変換前文字の入力長上限に触れた場合(90文字※1)
(2)Freeplane側のノード幅上限(35文字※2)に触れた際の不適切なフィールド更新
 (setLineWrap()内のsetEditable()実行は、フィールドの更新反映だけでなく、確定を伴う)

※1 私のMSOfficeIME2010の場合
※2 Freeplaneのノードデフォルト幅設定に関係か?
※1,2 同じ文字「ああああ…」とインライン入力し続けると再現。異なる文字だと再現しない場合も。
  (IME側の内部処理によって上限が変動するのかもしれません)

(1)(2)を切り分けられたのは、IMEの動作をリアルタイムで監視する方法を見つけたためです。
IME変換中はsetLineWrap()を実行しないようにして(2)を回避しました。
しかし、この場合も、90文字を超えると勝手にオーバした分だけ前半から順次確定してしまいました。
この際はsetLineWrap()は実行されていないことも確認しています。
(※監視にはInputMethodListenerクラスを使用)

以上