>>118 で指摘した修正済みの Freeplane 1.2.20_04 が

http://sourceforge.jp/projects/sfnet_freeplane/

でダウンロードできるようになっています。

>「線の色を自動選択」オン状態時に[、自動レイアウトによる]第一階層の
>エッジの線が細くなってしまう

ことが理由で Freeplane の使用をためらっている人は、是非試してみてくだ
さい。