自己レス

コマンドラインで起動パラメータあったわ
→ AppName.cameyo.exe -exec "%Program Files%\hoge\hoge.exe"
あと -CreateShortcuts でショートカット吐き出しくれる

ついでに、試しててわかったことをメモ

■ThinAppとの違い
・パッケージ前にオプションが選択できない
・一旦パックしたものの再編集が可能(リビルド用のキャプチャデータ不要)
・exe単一、複数アプリが含まれる場合は起動時のランチャで選択
・Pack時に圧縮するモードがない模様

・サンドボックスは、データアクセスとレジストリアクセスで2個だて
　データ　　： cameyo.exe 配下または %AppData%\VOS\ に AppID.cameyo.dataでフォルダ生成
　レジストリ： レジストリ内 HKCU\Software\VOS\ にまとめて書き込み
　　　　　　　 AppID.cameyo.dataにも退避される
　(※ デフォルトでは HKCU\Software\VOS　の仮想レジストリ値は放置される)

・cameyo本体もパッケージされているが、隔離モードはフルアクセス(隔離なし)
これらはサンドボックスでなく実フォルダ、レジストリに書き込まれる
cameyo本体が使うキー
　HKEY_CURRENT_USER\Software\Cameyo
　HKEY_CURRENT_USER\Software\Cameyo
　%USERPROFILE%\Local Settings\Application Data\Cameyo

■環境を汚さない隔離アプリを作る設定 (ThinApp相当)
・General→Basics→Data strage → Under the executable's directory
・Advanced→Remove traces upon app exit → Leave no registry traces
で、レジストリにゴミを残さず単一フォルダにすべてのデータを集約可能