色々トリッキーなことやらなきゃいかんからだよ、それだけ危険度も上がるし

SandboxieやSchwertkreuz みたいなランチャ型なら一元管理できるけど
Portable Appsでポータブルアプリごとにばら撒いたら多重起動時の処理とか
調整するのが大変になりそうじゃん

ThinAppみたいに全部固めてしまう手もあるが、あれは更新が面倒
Portable Appsは本体アプリには基本改変加えず
App\以下にあるアプリフォルダに構成丸ごと入ってるから見通しがいい
ユーザーが直接データやファイル弄ったり、手動更新が楽にできるようになってるんだよ