まあ、実害はないと言えばそうなんでしょうが、
レジストリー書き込み→起動→消去型のプログラムよりも、
まったくレジストリーを使わずiniファイルから設定を読み込むものの方が
普通起動も速いし、何となくいい感じがしませんか？