試しにやってみた
つべで拾った青ブタ劇場版BDのPV使って30fps版と60fps版を製作（TVMW7)

それをソースに、shotcutでタイムライン60fpsに2つを入れてサイズフィルタでPIPに
出力はAVC(NV)で60fps 平均レート3Mbps指定

結果はフレームレートとして特にカクカクになる、なんて無かった。
フレーム補間入れてるわけじゃないから、ひょっとしたらそれで比べたらまた違うのかな
ついでにボケボケになるってのもなかったわ

shotcut自体は最新版使った。