やはり猫は飛ぶ
今回のケースは猫起動と同時にsystem、system_backup共にまっさらに初期化されるというもの(起動時刻でiniファイルが更新されている)
このケースでは、当然作業フォルダ丸ごと同期バックアップでは意味が無いので
作業の区切りごとにsystem、system_backup共に別のフォルダにコピーを抜き出して置くことが必要になる