ultimateだけど俺も同じ
いろんなソフトを更新するついでにIE11にうｐだてしたら
.xmlファイルを右クリ→nicoplayerに送るでフリーズするようになった
これはmp4やｆｌｖでも同じ
コーデック関連やflashプレイヤーを弄っても改善なし
解決方法はコメントファイルのない動画を送るメニューからではなく
直接プレイヤーにD&Dして再生させる
一回これをしておけば、その後は動画やコメをD&Dしてもフリーズせずに
コメントも追記される