あのさあ。
remove replay gain で音量が明らかに変わったのなら、従来はfoobar2000が再生時にReplayGainを設定に従って
適用して音量を調整してたってことでは？
だから、元々MP3Gainで変更した音量では再生されてなかったんじゃね？

foobar2000のReplayGain設定でProcessingをnoneにすれば、MP3Gainで変更した音量で再生されるよ。
でも多分それは、お前が従来foobar2000で聴いていた音量とは違うだろう。