77さん。
豆ライブのFME設定タブのページ内上部にC:\Program Files (x86)\Adobe\Flash Media Live Encoder 3.2\FMLECmd.exe等と入力する欄が有ると思いますが、
ここで指定するFMLECmd.exeって言うデータがFMEの負荷を軽くしてくれるコマンドライン版となります。このような名前のデータが入っていないか再確認してみて下さい。
FMLECmd.exeはFME本体をダウンロードした際に同梱されているデータですので、こちらを設定すると、DOSプロンプトウィンドウにて起動してくれるので、
規定のFME本体よりかは軽く運用出来るようになります。（同時にストリームURLと放送IDも自動コピペしてくれるので、配信前のFME本体の立ち上げは不要です。）
FME設定タブページ内にDOSプロンプトを表示する。にチェックマークを入れていると、配信開始時に別ウィンドウでFMLECmd.exeが起動しますので、
FMLECmd.exeのウィンドウ内にてエンコード時間などがきちんと表示されていればFME配信に成功している合図です。（ドロップフレームとかも表示しているはずです。）
（豆ライブのFMEステータスにてFMEが起動しています。等のコメントが出ていればFME配信に成功しています。FMEが停止中ならば、再度設定を見直して下さい。）
おそらく、FME設定時にFME本体のデータを指定している事が原因でFMEのコマンドライン版が立ち上がらずFME連携出来ていない可能性が有ります。
FME設定での指定データは、FlashMediaLiveEncoder.exeではなく、FMLECmd.exeを設定してあげないといけないので、再度設定を見直してみて下さい。
早く豆ライブとFMEが連携出来る日が来ると良いですね。参考になればと思っています。