linux でも windows でも使えるシームレスな暗号化ツールとして encfs を使ってたんだけど、windows の方がどうにも不安定。
ここによればもう 1年以上更新されてないみたいだし、
ttp://members.ferrara.linux.it/freddy77/encfs.html

もっといい候補は無いかな