>>593
ムービーメーカーのバージョンと、編集前と編集後のスクリーンショットくらいは出して欲しいけど・・・。
出力もwmvなのかMP4なのかよくわからない。

ムービーメーカーの出力は基本的にまともじゃない。
少なくとも、縦576ピクセル以上の解像度で動画を読み込んだり出力した場合、
プレビューでの見た目と出力したMP4を再生した見た目は、多くの場合異なる色になる。
FlashPlayerで見た場合は解像度に関わらず見た目が異なる色になる。
まともな映像を残したいなら、ムービーメーカーは使ってはいけない。

少し難しい話になるけど、ムービーメーカーはプレビューやエンコードでのRGB⇔YUV変換をBT.601で行う。
ここでいうBT.601というのは大雑把に言うとSD解像度で使われる変換係数。HD解像度ではBT.709が使われている。
そのためHD解像度（縦576以上）の映像を取り込んだり出力したりすると、まず間違いなくおかしくなる。
出力するMP4に、「これはBT.601でエンコしてますよ」というフラグ（colormatrix,matrix coefficient）を
つけていれば正しく再生されるケースも増えるのだが、そのフラグもつけていない。
YUVの飽和処理もあるようなので、BT.709の素材を読み込んだ場合、
そのまま出力しても緑成分が削られるなどの影響がでる。
コントラストがきつくなるというより、このあたりの影響のせいで、色が変わってみえているのでは。

AviUtlなら、設定さえきちんとやればこのあたりはちゃんと制御できるので問題は起きない。