.NETアプリ自体のパフォーマンスと、.NET Frameworkを入れたOSのパフォーマンス低下を混同しないで話をしたらどうかと。
.NETを使ったソフトは開発も楽で、凡庸なプログラマでも組みやすいから開発コストは下げられるんだが、
パフォーマンス優先のソフトじゃ使いたくはならないよな。

ここで散々気になるって言ってる人間は今でもxpメインで使ってるんでしょ。7だと元々3.5SP1まで標準で入ってるんだから気にしようもないけどさ。