IEの並び順自体がいつ消えてもおかしくない物だからな。
OSだのIEコンポーネントがバグるだけで並び順なんてすぐ狂う。
しょせんレジストリにおまけ程度に記録されてるだけだから。（フォルダ内のファイル配置とかと同じレベル）

初めから名前順だけで管理するようにしておけよ。