>しかしなぜか mod0 に Hiragana を割り当てた途端、Hiragana を押さなくても
>ほとんどのキーに M0 が付加されてしまいます。

これのせいで惑わされた
割り当てた途端じゃなくて、一度押したら押しっぱなしとみなされるでしょ？
NLSキー問題だからescapeNLSKeys=1してE0つければいいよ