アプリの作りによってキーの置き換えができなくなるんでしょうかね。
どうも最近のバージョンだけ効かないみたい。ウィンドウクラス名は変わっていないのですが。
emacs 22.3、23.1 ○
emacs 23.2 ×

もし試してみたい方がいらっしゃったら、本家(http://ftp.gnu.org/gnu/emacs/windows/)から
emacs-XX.X-bin-i386.zipをダウンロード・解凍して、bin\runemacs -q <ファイル名>で
起動できます。