現象をより的確に把握しました。
↓
64bitアプリケーションをアクティブにしても、
「にとしょーと」はアクティブなアプリケーションが切り替わったことを認識せず、
直前まで使っていた32bitアプリケーションのためのキー設定を準備したままの状態になる。
よって、64bitアプリ上では、直前まで使っていた32bitアプリのためのキーが発動してしまう。

(´・ω・`)どうしたもんだろ...