一般に"Shift_JIS"ではなく"CP932"というエンコーディングを指定できる
ソフトウェアやライブラリは〜をU+FF5E(FULLWIDTH TILDE)にマッピングしてくれる
ただしGNUのiconvは"CP932"を指定できるにも関わらず、パッチを当てないと
Microsoftのマッピングにならないようだ
（Microsoft製の物の場合は"Shift_JIS"指定で問題ないが）

コマンドラインのツールに抵抗が無ければ"iconv CP932"でぐぐってパッチ当て済みの
iconv探してもいいし、スクリプトに抵抗が無ければWSHのVBScript/JSCript、
ないしはPowerShellでの文字コード変換スクリプト例がネットに転がってると思うよ