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少々強引な手法だけど、環境変数%env[]か
内部変数%var[]を使えばできる。

環境変数%env[]を使う場合
コマンドのパスを%env[home]\〜とかで登録しておいて

SET home=%CD:~0,-1%
START %home%\tools\craft\clnch.exe

と書いたbatをUSBメモリのルートに置いておいて
USBメモリを挿したらエクスプローラでUSBメモリの
ルートを開いてそのbatを実行する。

上の%CD:~0,-1%ってのはbat実行時のカレントディレクトリの
最後1文字を取ったもの(D:\ならD:)なので分かるなら応用効かせて。

batから起動したcraftでは環境変数homeが有効になるので
%env[home]はD:(USBメモリのルート)に置き換えられ
%env[home]\〜で登録したコマンドが使えるようになる。
逆に言えばbatから起動したcraftでしか%env[home]\〜で
登録したコマンドは使えないので注意。