あー、わざとfoobarで--ignore-chunk-sizes外した結果を書いてなかったです。
ソースwavファイル詳細:24bit 96kHz 2ch 9:11 (551sec) 302 MB (317,494,364 バイト)

flac.exe 1.2.1bでコマンドラインにてエンコード 184 MB (193,579,813 バイト)
〜前略〜
point 54: sample_number=51838976, stream_offset=189826283, frame_samples=4096
point 55: sample_number=52797440, stream_offset=193141717, frame_samples=4096

flac.exe 1.2.1bにてfoobarで--ignore-chunk-sizesあり 184 MB (193,578,801 バイト)
type: 3 (SEEKTABLE)は無しで後はコマンドラインと同じ。

flac.exe 1.2.1bにてfoobarで--ignore-chunk-sizesなし 18.3 MB (19,232,591 バイト)
〜前略〜
point 744: sample_number=714240000, stream_offset=0, frame_samples=0
point 745: sample_number=715200000, stream_offset=0, frame_samples=0
PADDINGも変化あり length: 65536

flac.exe 1.1.1にてfoobarで--ignore-chunk-sizesなし 196 MB (206,409,944 バイト)
〜前略〜
point 743: sample_number=713906189, stream_offset=0, frame_samples=0
point 744: sample_number=714867032, stream_offset=0, frame_samples=0
PADDINGも変化あり length: 4096

流石にサイズが変わった1.2.1b--ignore-chunk-sizesなしはMD5やframesize、total samplesも変化がありましたが、
1.1.1に関してはSTREAMINFOの値も1.1.1のコマンドラインでの変換時と同じでSeek TabelとPADDINGのみの変化でした。
あくまでうちの場合はですが。