>>45,47-49
LilithのVerの件ですが、ご指摘のとおり0.9.9.2にアップデートでlibFLAC 1.2.1になりました。
度々ホントありがとうございます。
一度オンラインアップデートしたんだけどなぁｗ

SeekTableの件につきましては、
foobarというかPIPE処理等で事前にサンプル数が取得できない際におこるようです。
Seek Point計算はサンプル数が必須で、
例えば録音しながらPIPEで変換等は問題がでそうと考えます(サンプル数渡してもダミーだろぉし)
ttp://www.project9k.jp/cgi-bin/innovationbbs/bbs.cgi?mode=one&namber=1215&type=1170
その後の1217で投稿した方もエンコード方法を認めております。
投稿日付にあわせて1.1.1のflacにてエンコードしましたが、flac -5 -o "E:\CL111.flac" K:\test.wavと引数を渡して、
options: -P 4096 -b 4608 -m -l 8 -q 0 -r 3,3と変化するようで、
-b 4608にてframe_samples=4608になる位しか目立った違いはありませんでした。

対策は>>47氏のおっしゃるとおり、chunkSizeを取得しない--ignore-chunk-sizesにて対応ってコトなんでしょうが、
>これを付けるとそもそもseektableが作られなくなる。
まさに作られませんでした。素人考えですがflacはSeek Tableの構造上PIPEエンコードにはむかないのかなぁと。
PIPE用にchunkSizeをみないのならば作成サイズも無視してくれるかと期待した部分もあったのですが、
あくまで、ヘッダのchunkSizeをみる部分を飛ばすだけって感ぢで、
サイズが解らないからSeek Tableも作らないだけってコトっぽいですね。

Lilithでのエンコードとflac.exeでのエンコードの違いでは、Seek Pointのframe samplesに違いがあり、
現在のflacはオフィシャルにあるようにデフォルトだとframe_samples=4096となり、(-0、-1、-2だと1152ですが)
Lilithだと-b 4608としているようで、frame_samples=4608となりました。
あとはLilithはPADDINGのサイズを自分で付加するようになっていた位でしょうか？
デフォルトだと0で当然METADATA blockにPADDINGはありませんでした。

そもそもうちがflac自体全く解っていないのでなんとも言えませんが、
METADATA block位置はtypeで見分けているので関係ないだろぉと推測して、違いはコレ位のようです。