Windows 7で標準でタグがエクスプローラで見れるとか
iOSで標準で対応してるとかぐらいかなぁ

MP4につっこめるのは人によっては利点と思うかもしれないが
ALAC in MP4なんて互換性がないものを使うぐらいなら
FLAC in Matroskaでいいともいえる