>>38
もともとGUIツールは引数をflac.exeに渡す位と思っていたので、念のため〜やはり〜と書かせていただきました。
takやらWavPackやらLilithで変換ができるのに、
何故flac.exeだけ2GBまでしか処理できず落とされるのか見当もつきませんがとりあえず環境みてみます。

>>39-40
型によってひっかかるのではないかというのは解りましたが、ファイルサイズになんで符号付きのintなんでしょ？
wavは確かunsigned longで4GBまでいけるのに……。

自分の中では、変換自体はWinでもできたので>>37氏の言う通りなのかなぁとは思っております。
まぁ、うちの環境がおかしいだけなのかもしれませんが、
>>35氏のLilithの件以外では、できてる、とかできない等の話も訊かないので。

ちなみに、foobarについてなのですが、ご推測の通りで、
最近のは専用のプラグインが入っておらずCLI encoderだったりします。
>>32のエラーメッセージでCommand lineとある通りです。

0.9.x系でflacエンコーダのコンポーネントってあるのかな？と思ったトコロで思い出したのですが、
0.8.3ではfoo_flaccer.dll(libFLAC 1.1.2)があり、foo_flaccer.dll経由でのエンコードはできました。
ただ、wikiによるとfoo_flaccerにはseektableを付加しないようですが。
ちなみにLilithで変換したのはlibFLAC 1.1.1だったけど、コレは問題ないのかな？

レスくださった方々ありがとうございました。
当初のもくろみでは

つコマンドラインオプション

みたいな感ぢで話題が終わると思っていたのだがｗ