>>36-37
ソースは見ていないが、コマンドラインプログラムの方は、
標準 C 関数のみで書かれているだろうから、
そっちの方のファイル入出力関数の制限で 2G までかと。
標準 C 関数は、ものすごく古い時代に作成されたものだから、
ファイルサイズとかは int 型 が使われていて、
32bit OS なら 32bitのサイズ。32bit 符号付きだと、
最大値がちょうど2Gになる。(厳密には 2G -1)

64bit OS でコンパイルすれば、int 型は 64bit になるはずなので、
2GB を超えるサイズを扱えるようになる。

最近では、32 bit OS 用でも、64bit int への拡張版の
C 関数互換のファイル入出力が用意されている場合が多いが、
環境ごと(コンパイラごと)に、実装内容が違うため、
こういうクロスプラットフォームなプロジェクトでは使用されない場合が多い。

しかし、foobar で2G 越え扱えないのはすごく意外だなぁ。
もしかして、flac は、CLI encoder だったりするのかしら？
built-in プラグインなら別なのかな？