>>35
こんな時間にすみません。
2Gで検索かけてコメントの2G Limitしかみてなかったw
相変わらずその先の処理もまだみてませんが。

ソースのwavファイルの位置、flac.exeの位置、保存先はNTFSでしたが、
Lilithで変換したらあっさりできました。

アプリの方が〜ってありましたので念のためGUIアプリを使わず、
コマンドラインからも変換を試みましたがやはり2GBでエラーになりました。
まぁ、そっちの理由は解りませんが、何はともあれ変換できました。
本当にありがとうございます。