#if _MSC_VER <= 1600 /* @@@ [2G limit] */とコメントもあったので、

これに引っかかるコンパイラって、いつの時代の VC だよｗ
アプリの方が 2G 超えるファイルを扱えないか、
保存先に指定しているドライブが、FAT32　なんだろう。
ためしに Lilith で変換してみたら、
2.5GB の FLAC ファイル作れたので、
FLAC がサポートしていないわけではない。
環境見直してみなさい。