自前のwavファイル(24bit 96kHz 2ch 2:03:06 3.96 GB (4,254,562,124 バイト))
をflacへエンコードしようとしたのですが、作成されたflacのサイズが2.00 GB (2,147,498,063 バイト)でエラーになります。
foobar2000、flacDrop、FLAC frontendあたりを試しました。

FLAC 1.1.3でLarge file (>2GB) support everywhere
とあったので作成できるのでは？と思っているのですが、何か特別なコマンドライン等はあるのでしょうか？

flacのバージョンは1.2.1bで、念のためOSはXPのSP3です。
foobar2000でのエラーメッセージは下記のとおりです。

An error occured while writing to file (The encoder has terminated prematurely with code 1; please re-check parameters) : "a.flac"
Additional information:
Encoder stream format: 96000Hz / 2ch / 24bps
Command line: "C:\flac.exe" -s --ignore-chunk-sizes -5 - -o "a.flac"
Working folder: E:\