ALAC自体が24bit対応していなくて
そ知らぬ顔で16bitに落としてエンコードしてるってことないの？
あらかじめ16bitに落としてからエンコードしたものと比べれば
丸め誤差の分バイナリ一致はしないとしても
ファイルサイズが大幅に変わるはずだから
どっちなのかわかるはず
iTunes入れてないので検証できなくて言うだけですまないが