>FFFTPを使用していると危険
この時点ですでに大間違いです
ウイルスに感染したPCであればクライアントの種類を問わずに大いに危険です
今回問題になったFFFTPのパス漏れについては対策版>>170が出ています

>FFFTPを削除しても、FFFTPにてアップしたデータが消えることはないのですよね？
クライアントをFFFTPから乗り換えても鯖にアップしたデータは消えません