コマンドプロンプトを開いて、
mencoder [options] input.file -o output.file

あとは、以下を参考に。
ttp://www.mplayerhq.hu/DOCS/man/en/mplayer.1.html
ttp://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML/en/mencoder.html
ttp://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML/en/encoding-guide.html