自己解決しました。
http://www.aptana.com/forums/viewtopic.php?t=1363&start=15&sid=4875a2434992afb76b59a15f78be3081
に書かれていますが、
C:\Program Files\Aptana\Aptana IDE Beta\configuration\config.ini
をいじれば設定フォルダを変更できます。
私の環境では"@user.home"を用いた指定での挙動がよく分からないので、絶対パスで指定しました。
その際、フォルダの区切りを"\"ではなく"/"にしなければ、aptanaの起動時にエラーになります。

例えば、以下のように指定します。

osgi.configuration.area=D:/home/usename/.aptana
osgi.user.area=D:/home/usename/.aptana