そういえば小さいファイルサイズの件に関しては２バイト文字がありませんでした。
ただやはりサイト全体をutf8で作っているので統一させたいです。
エディタの誤認識であればやはりおまじないしか対策はないでしょうか（１バイト文字だけの１KBファイル）

他ファイルに関しては少し前まで誤認識なく普通に開けていました。
改行コードも変わっているようです…。