「リモートとローカルのファイルを同期させる」の”方向”って固定できないかね？
通常は

ローカル→リモート

の方向で反映させるんだけどたまたまフォーカスがリモート側のウィンドウにあったりすると

ローカル←リモート

が選択されてたりするんだよ。そのまま気付かずOKボタンを押すとローカル側の更新したファイルが
綺麗さっぱり削除されて元通りにされてしまう。

数時間かけた編集作業が一瞬でパーになる可能性を秘めてるわけで精神衛生上よろしくない('A`;)