MS-IMEのシステム辞書については
バイナリエディタで
辞書ファイルの40H番地の
「01」を「00」に書き換えるとユーザー辞書に変わり、
IMEの辞書ツールで一覧表示やテキスト出力が
可能になります。
これで一旦テキスト出力して、ATOKで読み込ませて
辞書にすると、ATOKでも使えます。