えーと、話が噛み合ってないな。
GBの歌詞で[encoding:gb2312]が記入されて無いものは表示は化けるよ。
歌詞>文字エンコードで毎回GB指定すると正常表示される。これは昔から
そうだよね。MiniLyricsはユニコードかデフォルトコード（日本語WinならS_JIS）かを
判別するのみでしょ。GBかS_JISか、なんて判別してくれない。
上記をやって正常表示されてる状態で、上級の歌詞保存オプションで保存すると、
指定コードに正しく変換され、かつ[encoding:]も追加される。