ソースは読んでないが要は編集画面の文字列からstartとendで指定されたとおりに脚注だかを抽出してんだろ？
そうすると目的の脚注と一緒にextractマクロから end:を抽出しちまうわけだ
なら直接extractマクロを書き込まなきゃいい
その解決策1が例にあった{{!!footnotes-collection}}だろ
もしそのextractマクロが毎度同じの使うならどこかのTiddlerのfieldに入れて{{tiddler!!field}}で指定しても動くだろ
あるいはextractマクロを更にマクロに包んでも動くかもしれんな
マクロは\defineの方な