通常は出典を示すだけとかだけなので、脚注の方が便利なのです。
確かに、注釈が長くなった場合だけ文末にする手もあるのだけど、
読んでいる時にいちいち後ろのページと本文を行ったり来たりするのは
好きじゃないので、なるべく脚注にしたいですね。

 109さんがリンクされた、マイクロソフトの説明ページに、
  「本文を読み終わった後に読めば十分な参考文献や補足説明
   であれば、文末脚注を利用する方がよいでしょう」
とあるのですが、文脈を無視して後で脚注を読むことって余り無く
ないですか?最後にまとめて読める内容だったら、その部分は
補論か何かの形で、むしろ本文に持ってくると思うのですが。

 スレ違いすみません。それだけ一太郎に対する個人的な脚注ニーズが
高いということで。