勿論そこまでは問題ないんだけど、
次にコピーした時、起動ドライブ以外の領域が
はたしてちゃんと残ってくれるかどうかの不安なんだよなぁ。

まぁ頻繁に書き換えやるんじゃなければ問題ないんだが、
通常外HDDを使って怪しくなったらいつでも本体から書き換えという用途だと、
起動ドライブ以外の領域を使う場合、そこが確実に残る確証が欲しいんだよね。