実は俺も350と同じで内蔵HDDを消しておりますｗ
メーカーはこの辺の説明なり警告なりを、もうちょっと分かりやすく書いておくべきですな
・・・まあちゃんと事前にバックアップとっとけばいいんだけど

で、352−353の件だけど、当方は一応外付けの全領域を使えてます
最初は本体がCドライブ40G　Dドライブ80Gで、Cドライブを500Gの外付けにコピー
たしか外付けの残り領域も普通に使えてたとは思うけど、そのあと色々パーティションいじって
本体フォーマットとかしてるからちょっと思い出せないｗ
ひょっとしてコピーする際に、元のドライブと同じだけの容量のパーティションを外付けに作って
残りを未割り当てにしてるのかも

容量減ってる人はマイコンピュータを右クリックで「管理→ディスクの管理」でチェックしてみるといいかも（XPの場合）
未割り当て領域があるならそこをフォーマットすれば使えるようになるはず