アルバムアートワークを音楽ファイル自体に埋め込むんじゃなくて、アルバムごとのフォルダに画像ファイルとして別置きしてる
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フォルダ構成などそのまま転送
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自動検索でアートワークの画像ファイルがヒット
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「アルバム」アプリから見えるようになる

あたりだと想像
音楽ファイルを置いてるフォルダの上層に「.nomedia」置けばいいんじゃね？