http://hdcycle.blogspot.jp/2017/03/mi5band6.html

>仕組みとして、MIUI系のROMをインストールするとベースバンドが更新されるためだと思われる。
>つまり、公式ROMからベースバンドのファイル(NON-HLOS.bin)を取り出して｢fastboot flash modem NON-HLOS.bin｣で書き込みしてもいけるかもしれません。

これを試してみたら見事に動いてた指紋認証が消えました。
やはりこれが原因のようですね。