刑事司法と検察
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検察庁は国家行政組織の一部であり、検察権は行政権の一部をなすが、刑事司法手続の一環を担うという意味で「準司法権」的性格を有する。
特に公訴については、国家訴追主義、起訴独占主義、そして起訴便宜主義を採用しているから、その権力は絶大である。
また、捜査手続も最終目的である公訴に至るプロセスであるから、捜査を実質的に支配することも可能である。
それらに加え、現行の検察制度は、糺問主義的土壌を生じやすい中央集権的組織構造、独任官庁制、検察官一体の原則等を戦後も引き継ぎ、現在に至っている。

公訴権をこれまで検察が独占してきたのは、検察官が法曹としての高い法律専門知識と倫理を有していると信頼してのことである。
また、そのような検察官に犯罪や犯人の個別事情を判断させて訴追の裁量を与える方が、犯人の更生も含めた犯罪の予防的効果をよく発揮し、
ひいては刑事司法上の資源を有効利用できるということが起訴便宜主義の根拠となっている。
その一方で、独占には弊害が伴うことは否定できない。そのチェックを行うために検察審査会がある。
このように基本的にはよくできた制度設計である。しかし、もしも検察官が高い倫理を失ったらどうなるか、
法曹に求められる範囲を超えて訴追の裁量がなされたらどうなるか、高い専門知識が要求される公訴の提起を本当に国民が正しくチェックできるのか、
今回の事件はこれまでの制度設計が万全なものではないことを示した。

検察権が行政権である以上、その行使について一般の行政権と同様に、内閣は国会に対し連帯して責任を負うが、
その一方で、このような検察権の特殊な性格を考慮し、検察の独立性を担保するため、個々の事件の取調べや処分については、
法務大臣は検事総長のみを指揮できるとしている（検察庁法第14 条）。
検察の独立性と透明性をどのように確保し調和させるかは、検察制度や検察権を考える上で重く深い課題と言えよう。