>公立、私立の学校に対する不信からチャータースクールやホームスクールで子どもを独自に教育する

それが親による義務教育の拒否や、宗教団体によるその教唆につながるとなると、憲法26条2項違反になりますね。
憲法は国民に対して子供に教育を受けさせる義務を定めており、学校教育法、児童福祉法がそれを補完しています。
先日も小学生の子供に仕事を手伝わせて、学校に行かせていなかった父親がニュースになっていましたが・・・
（新聞販売店を経営していたか、そこに勤務していたかの人物のようで、詳細は不明ですが）

わが国の憲法は全ての国民に対し、「法律の定める普通教育」をその子女に受けさせることを義務づけています。
法律に定められた学校教育を受けることは、子供にとって将来の進学や職業生活を営む上で重要な権利です。
子供の意思での不登校というケースもありますが、親権者など第三者の意思でそれが行われることは大きな問題です。
子供は親の所有物ではなく、また義務教育拒否を教えるような宗教団体の所有物でもないのですから。