Mojaveで導入されたダークモードですが、
残念ながらBathyScapheでは対応しておらず、
眩しくて困っていましたが、
ダークモードにする方法が分かりました。

下記のコマンドをターミナルアプリに打ち込んでリターンを押して下さい。
システム環境設定の設定に連動してライトモード／ダークモードを
切り替えられるようになります。

アプリをダークモードにするコマンド
defaults write -app /Applications/BathyScaphe.app NSRequiresAquaSystemAppearance -bool No