システム環境設定の起動ディスクにMacintosh HDしか出てこなくなりました。
不具合が起きてクリーンインストールする前はちゃんとWindowsも選択できて起動も出来たんですけど。

逆にWindows側からだとMac選べるんですけど、それで起動するとエラーが出てOSユーティリティの選択画面になります。

あと関係あるのか分からないですが、XBOXのコントローラーがMacで認識されなくなりました。