launcher/v2cargs.txtの直接修正を想定して作ってるんで後々のトラブル回避のために
launcher/v2cargs.txtを直接修正するでお願いします

JavaApplicationStub起動の場合はJava6がなくてもV2C が起動するのでV2C.appのほうかなと
誰か作り替えてくれると嬉しいんですが

JavaApplicationStubを直接起動する場合はJava6は必要ないんで
Java6が不要なら/Library/Java/JavaVirtualMachinesの1.6.0.jdkは
jremフォルダに移動・バックアップして/Library/Java/JavaVirtualMachinesからは削除でもいいかと思います
(仮想マシンのMacOSX10.8ですが/Library/Java/JavaVirtualMachinesから削除後
 バックアップから戻した1.6.0.jdkでもV2Cを起動できることは確認済み)

/Library/Internet Plug-InsのJavaAppletPlugin.pluginはどうだろ?
Java6しか入ってないなら不要
他の上位Javaバージョンが入ってる場合はそちら向けだろうから触らないでそのまま
かな?
詳しい人フォローよろしくおねげーします